为了培育优质芝麻且高产，科学施用肥料是关键。据生产实践表明：给芝麻施用肥料的关键在于时机以及方法的把握，需要做到苗肥要“早”、蕾肥要“巧”、花肥要“重”。
提早施用苗肥。因为芝麻的种子比较小，且经常底施氮肥施用的太多，极易造成幼苗旺长，形成高脚苗。所以，芝麻需要与早间苗、早定苗结合起来，看苗提早施一次以性肥料为主要的苗肥，施好苗肥是芝麻提早发芽健长的关键措施。苗期肥施用稀释充分腐熟的人粪尿或是尿素，通常在定苗之后平均每亩追施尿素2千克到3千克，旱情比较严重的时候需要首先抗旱再进行追施或是使用稀薄人粪尿在稀释之后浇灌。对苗长势比较较差的，还需要采取“开特餐”的技巧，追施提苗肥。芝麻追施苗肥，还应该按照芝麻的根系较浅的特征，尽量浅施或是重点施于根部。
巧施蕾肥。芝麻现蕾期正好开始处于花芽分化时期，此时植株营养生长以及生殖生长同时并旺。所以，施好蕾肥对芝麻增产有着很重要的关系。现蕾肥通常是以氮肥为主，磷、钾肥为辅。在施用肥料的时候，对条播的可以在距离芝麻植株约10厘米左右进行开沟条施或是点施，施入约10厘米深的土层中，对根的吸收非常有利，在施后覆土；对撒播的可以把充分腐熟的饼肥或是颗粒状尿素掺入到细碎土中并充分搅拌均匀撒施，施用肥料之后随即进行中耕松土掩肥。在天气干旱的时候，施后应该喷水以充分发挥肥料效果。也可以采用浇淋方法，平均每亩施用尿素4千克到6千克添加清水200千克浇泼在芝麻蔸部。除此之外，对缺少硼元素的地区以及缺少硼元素土壤还应该适宜的增加施用硼肥。
重施花肥。在芝麻进入到开花期，此时生长迅速，在这个时期吸收的营养元素占整个生育期间的七十到八十。为了能够满足作物生长发育的需要，使芝麻生长旺盛，积累更多的光合产物，提高花蒴的数量，在生长后期稳长不早衰，致使籽粒充实饱满，一定要重施花肥。
