目前应用多的主要是根瘤菌,生物固氮越来越受到重视，关于固氮菌肥料的施用方式如下：

㈠基施：与有机肥配合沟施和穴施，施后立即覆土。

㈡追肥：和湿肥土混合均匀，堆放三五天，加稀粪水拌和，开沟浇在作物根部后盖土。

㈢拌种：在菌肥中加适量的水混匀，倒入种子混拌，捞出阴干即可播种。

固氮菌肥料自身固氮菌不与高等植物共生，没有寄主选择，而是独立生存于土壤中，利用土壤中的有机质或根系分泌的有机物作碳源来固定空气中的氮素，或直接利用土壤中的无机氮化合物。固氮菌在土壤中分布很广，其分布主要受土壤中有机质含量、酸碱度、土壤湿度、土壤熟化程度及磷、钾、钙含量的影响。