果树根部有病害肥料施用需注意，需要对衰弱的果树自身生长势进行调节，促进其发育。可以使用对果树生长有促进作用的生长调节剂，如“碧护”，也可选用对作物根部有明显促生作用的甲壳素制剂进行灌根处理。也可以这两样混合使用。对根部生长不良的果树，为了保持其整体的生长，必须从叶面进行补肥，一年中可多次喷施硝酸钾，既可以补氮也可以补钾。硝酸钾的喷液浓度为0.3%。同时根部要注意施用钙肥。钙有促进果树根系生长的明显作用。

发病果树的根际土壤环境往往很差，有害微生物占据主导地位，这是导致果树根部发病的重要原因。因此在对果树根部进行处理和生长调节剂灌根后要进一步施入优质的微生物菌剂或微生物有机肥（如EM或含有大量芽胞菌的菌剂），以使有益菌群在土壤中占位，造成优势地位，为果树的根部生长创造良好的土壤环境。