水稻基肥一般是指插秧前结合整地施入的肥料，具体方法南北方有所不同。北方稻田一般冬闲，可在秋季或春季，将有机肥和一部分化肥撒在田面，通过深翻整地将肥料翻扣于土壤深层，灌水泡田前再撒施其余的化肥，然后进行耙地、旋耕和拉板整平（俗称“水找平”）。这种施肥方法相当于全层施肥，作物前期和中后期都能得到足够的养分，使肥料利用率显著提高。也可以在耙地后将肥料撒施于田面，通过水找平实现土肥相融。这种方法的主要优点是能够促进作物前期生长，但因施肥深度较浅，要注意后期是否出现脱肥。

南方稻田情况较为复杂，如果是冬闲田，也可以采用全层施肥方法；或者在前茬水稻收获后及时耕翻晒田，开春时结合施基肥再耕翻1次，晒田数日后灌水泡田，整平插秧；如果是翻压绿肥田，则要在绿肥生长盛期翻压，翻压后适当炕晒，泡田沤熟10~15天，整平后再插秧。若对绿肥补施化肥，则应该在绿肥翻压时进行。如果是油菜、小麦等越冬作物的后茬田，特别是双季稻区的三熟田（俗称小春田），因抢收抢插来不及深耕整地，可在前茬增施有机肥，本茬只结合浅耕施用适量化肥，或者免耕插秧后再追施化肥。