根腐病在小麦各生育期均可发生，可危害植株各部位，表现根部腐烂、叶片出现病斑、茎枯死、穗颈枯死等症状。苗期发病，小麦芽鞘和根部变褐色甚至腐烂。发病轻的植株生长细弱，不久枯死；发病严重的幼芽不能出土便枯死。分蘖期病株根颈部出现褐色病斑，叶鞘也变褐腐烂，无效分蘖增多、丛生，严重时幼苗枯死。生长后期发病，病株易拔起，但不见根系腐烂，引起倒伏和形成“白穗”。春季气温不稳定，返青期遇寒流，麦苗受冻后抗病能力下降，易诱发根腐病，造成大量死苗。

小麦根腐病较难治疗，应以预防为主，播前用药拌种是预防该病最有效的措施，适用药有咯菌腈、苯醚甲环唑、戊唑醇等。先正达公司的25克/升咯菌腈悬浮种衣剂，登记用于小麦防治根腐病，每100公斤麦种推荐用制剂150～200毫升进行种子包衣。陕西西大华特科技实业有限公司的4%咯菌·噻霉酮悬浮种衣剂，含噻霉酮2.3%、咯菌腈1.7%，登记用于小麦防治根腐病，每100公斤麦种推荐用制剂125～175克进行种子包衣。

田间发现小麦根腐病病株后，应在发病初期，及时选用丙环唑、烯唑醇等药喷雾防治，喷药应喷匀、喷透，使药液充分浸透根、茎。先正达公司的250克/升丙环唑乳油，登记用于小麦喷雾防治根腐病，每亩推荐用制剂33毫升。江西禾益化工股份有限公司的25%丙环唑乳油，登记用于小麦喷雾防治根腐病，每亩推荐用制剂33.2～66克。生产上也可以结合防治纹枯病，在小麦返青拔节期选用丙环唑、烯唑醇等药预防根腐病。